Katastrofala översvämningar på den gula floden tvättade bort grödor, druknade bybor och ändrade flodens kurs så att den inte längre mötte Grand Canal. De hungriga överlevande från dessa katastrofer började tro att deras etnisk-mongoliska härskare, Yuan-dynastin, hade förlorat himmelmandatet. När samma härskare tvingade 150 000 till 200 000 av sina kineser med Han-händer att visa sig för en massiv arbetskrava för att gräva ut kanalen ännu en gång och gå med i floden, gjorde rebellerna uppror. Denna uppror, kallad Röda Turban-upproret, signalerade början av slutet för Mongoliska styren över Kina.
Den första ledaren för de röda turbanorna, Han Shantong, rekryterade sina anhängare från de tvångsarbetare som grävde ut kanalbädden 1351. Han farfar hade varit en sektledare för White Lotus-sekt, som gav de religiösa underlag för Röda Turbanen Uppror. Yuan-dynastiets myndigheter fångade snart och avrättade Han Shantong, men hans son tog sin plats i spetsen för upproret. Båda Hans kunde spela på deras följares hunger, deras missnöje med att tvingas arbeta utan lön för regeringen och deras djupt sittande ogillar att styras av "barbarer" från Mongoliet. I norra Kina ledde detta till en explosion av Röda Turban anti-regeringsaktivitet.
Under tiden, i södra Kina, började ett andra röda Turban-uppror under ledning av Xu Shouhui. Den hade liknande klagomål och mål som de nordliga röda turbanerna, men de två samordnades inte på något sätt.
Även om bondesoldaterna ursprungligen identifierade sig med färgen vit (från White Lotus Society) bytte de snart till den mycket lyckligare färgen röd. För att identifiera sig bar de röda pannband eller hong jin, vilket gav upproret sitt gemensamma namn som "Red Turban Rebellion." Beväpnade med provisoriska vapen och gårdsredskap borde de inte ha varit ett verkligt hot mot de mongoliska ledda arméerna av centralregeringen, men Yuan-dynastin var i orol.
Ursprungligen kunde en kapabel befälhavare, kallad chefrådsledare Toghto, sätta ihop en effektiv styrka av 100 000 imperialistiska soldater för att sätta ner de norra röda turbanorna. Han lyckades 1352 och ledde Han's armé. 1354 gick de röda turbanorna på offensiven en gång till och skär Grand Canal. Toghto samlade en styrka som traditionellt var 1 miljon, även om det utan tvekan är en grov överdrift. Precis när han började röra sig mot de röda turbanerna, resulterade domstolens intriger i att kejsaren avfärdade Toghto. Hans upprörda officerare och många av soldaterna övergav i protest för hans borttagning, och Yuan-domstolen kunde aldrig hitta en annan effektiv general som skulle leda de anti-röda turbanansträngningarna.
Under slutet av 1350-talet och början av 1360-talet kämpade de lokala ledarna för de röda turbanorna med varandra för kontroll över soldater och territorium. De spenderade så mycket energi på varandra att Yuan-regeringen lämnades i relativ fred under en tid. Det verkade som om upproret skulle kollapsa under vikten av olika krigsherrens ambition.
Han dog Han Shantongs son 1366; vissa historiker tror att hans general, Zhu Yuanzhang, fick honom att drunkna. Trots att det tog ytterligare två år ledde Zhu sin bondarmé för att fånga den mongolska huvudstaden vid Dadu (Peking) 1368. Yuan-dynastin föll, och Zhu etablerade en ny, etnisk-Han-kinesisk dynasti som kallas Ming.