Massachusetts Bay Colony fastställdes 1630 av en grupp puritaner från England under ledning av guvernör John Winthrop. Bidraget som gav gruppen bemyndigande att skapa en koloni i Massachusetts beviljades av King Charles I till Massachusetts Bay Company. Medan företaget var avsett att överföra rikedomen i den nya världen till aktieägare i England, överförde nybyggarna själva stadgan till Massachusetts. På så sätt förvandlade de ett kommersiellt företag till ett politiskt.
De Mayflower bar en blandning av engelska och nederländska separatister, pilgrimer, till Amerika 1620. Fyrtio kolonister ombord på fartyget undertecknade Mayflower Compact, den 11 november 1620. Detta var den första skriftliga regeringsramen i den nya världen.
1629 lämnade en flotta på 12 fartyg känd som Winthrop Fleet England och på väg mot Massachusetts. Den nådde Salem, Massachusetts den 12 juni. Winthrop seglade själv ombord på Arbella. Det var medan han fortfarande var ombord på Arbella att Winthrop höll ett berömt tal där han sa:
"[F] eller wee måste tänka på att wee ska vara som en katt på en kulle, alla människors eies är uppe på oss; skulle att om vi ska döma falskt med vår gud i detta svåra har vi gjort och skulle få honom att dra sig tillbaka hans nuvarande hjälp från oss, vi ska göras till en berättelse och ett förord genom världen, vi ska öppna fiendernas mun för att tala om förändringar av guds vägar och alla professurer för guds skull ... "
Dessa ord förkroppsligar andan hos puritanerna som grundade Massachusetts Bay Colony. Medan de emigrerade till den nya världen för att fritt kunna utöva sin religion, förespråkade de inte religionsfrihet för andra bosättare.
Även om Winthrops flotta landade på Salem stannade de inte: den lilla bosättningen kunde helt enkelt inte stödja hundratals ytterligare nybyggare. Inom en kort tid hade Winthrop och hans grupp, på inbjudan av Winthrops college vän William Blackstone, flyttat till en ny plats på en närliggande halvö. 1630 döpte de om sin bosättning Boston efter staden de hade lämnat i England.
1632 blev Boston till huvudstad i Massachusetts Bay Colony. År 1640 hade hundratals fler engelska puritaner anslutit sig till Winthrop och Blackstone i sin nya koloni. År 1750 bodde mer än 15 000 kolonister i Massachusetts.
Under det första decenniet av Massachusetts Bay Colony inträffade flera politiska kriser som utvecklades samtidigt om hur religionen utövades i kolonin. En av dessa är känd som "Antinomian Crisis" som resulterade i avgången av Anne Hutchinson (1591-1643) från Massachusetts Bay. Hon predikade på ett sätt som visade sig ovänligt för koloninens ledare och prövades i civila och kyrkliga domstolar, vilket kulminerade med hennes utkommunikation den 22 mars 1638. Hon fortsatte att bosätta sig på Rhode Island och dog några år senare nära Westchester, New York.
Historikern Jonathan Beecher Field har påpekat att det som hände med Hutchinson liknar andra utflykt och avgångar under koloninens tidiga dagar. 1636, till exempel, på grund av religiösa skillnader, tog den puritanska kolonisten Thomas Hooker (1586-1647) sin församling för att grunda Connecticut-kolonin. Samma år förvisades Roger Williams (1603-1683) och hamnade grundandet av Rhode Island-kolonin.
Under de tidigaste dagarna av Massachusetts Bay Colony genomförde puritanerna ett utrotningskrig mot Pequotsna 1637 och ett utrotningskrig mot Narragansetts. År 1643 överlämnade engelsmännen Narragansett sachem (ledare) Miantonomo (1565-1643) till sina fiender Mohegan, där han dödades. Men med början med ansträngningarna från John Eliot (1604-1690) arbetade missionärer i kolonin för att omvandla de lokala indianerna till puritanska kristna. I mars 1644 överlämnade Masshuset-stammen sig till kolonin och gick med på att ta religiös undervisning.
Eliot inrättade "bönstäder" i kolonin, isolerade bosättningar som Natick (etablerat 1651), där nyligen konverterade människor kunde leva separerade från engelska bosättare och oberoende indier båda. Bosättningarna var organiserade och utformade som en engelsk by, och invånarna var föremål för en rättslig kod som krävde att traditionell praxis skulle ersättas av de som förklaras i Bibeln..
De bönstäderna väckte meningsskiljaktighet i de europeiska bosättningarna, och 1675 anklagade nybyggarna missionärerna och deras konvertiter för förräderi. Alla indianerna som bekräftade lojalitet till engelska avrundades och placerades på Deer Island utan tillräckligt med mat och skydd. Kung Filips krig bröt ut 1675, en väpnad konflikt mellan engelska kolonister och indianerna under ledning av Metacomet (1638-1676), Wampanoag-chefen som hade antagit namnet "Philip". Några av de indiska konvertiterna i Massachusetts Bay stödde den koloniala milisen som speider och var avgörande för den eventuella koloniala segern 1678. Emellertid, 1677, konverterade de som inte hade dödats, sålts till slaveri eller körd norrut begränsade till att be städer som var i huvudsak reservationer för människor som minskade för att leva som tjänare och hyresgästbönder.
Massachusetts spelade en viktig roll i den amerikanska revolutionen. I december 1773 var Boston platsen för det berömda Boston Tea Party som en reaktion på te lagen som hade antagits av briterna. Parlamentet reagerade genom att vidta akter för att kontrollera kolonin inklusive en marinblockad av hamnen. Den första kontinentalkongressen hölls i Philadelphia den 5 september 1774 och fem män från Massachusetts deltog: John Adams, Samuel Adams, Thomas Cushing och Robert Treat Paine.
Den 19 april 1775 var Lexington och Concord, Massachusetts platserna för de första skotten som avfyrades under Revolutionen kriget. Därefter belägrade kolonisterna Boston som de brittiska trupperna höll. Belägringen slutade så småningom när briterna evakuerades i mars 1776. Undertecknarna av självständighetsförklaringen från Massachusetts den 4 juli 1776 var John Hancock, Samuel Adams, John Adams, Robert Treat Paine och Elbridge Gerry. Kriget fortsatte i sju år till med många Massachusetts-volontärer som kämpade för den kontinentala armén.