Malianer uttrycker stor stolthet över sina förfäder. Mali är den kulturella arvingen till arv från forntida afrikanska imperier - Ghana, Malinké och Songhai - som ockuperade den västafrikanska savannen. Dessa imperier kontrollerade handeln i Sahara och var i kontakt med medelhavs- och Mellanösternens civilisationscentra.
Ghana-imperiet, som dominerades av Soninke- eller Saracolé-folket och centrerade i området längs den malian-mauretanska gränsen, var en mäktig handelsstat från cirka 700 till 1075 e.Kr. Malinkériket Mali hade sitt ursprung på den övre Nigerfloden i 1100-talet. Den expanderade snabbt under 1200-talet under ledning av Sundiata Keita och nådde sin höjd ungefär 1325, då den erövrade Timbuktu och Gao. Därefter började kungariket att minska, och på 1400-talet kontrollerade det bara en liten bråkdel av dess tidigare domän.
Songhai Empire utvidgade sin makt från sitt centrum i Gao under perioden 1465-1530. Vid sin topp under Askia Mohammad I omfattade den Hausa-staterna så långt som Kano (i dagens Nigeria) och mycket av det territorium som tillhörde Mali-riket i väst. Det förstördes av en marockansk invasion 1591. Timbuktu var ett centrum för handel och islamisk tro under denna period, och ovärderliga manuskript från denna epok bevaras fortfarande i Timbuktu. (Internationella givare gör ansträngningar för att bevara dessa ovärderliga manuskript som en del av Malis kulturarv.)
Fransk militär penetration av Soudan (det franska namnet på området) började omkring 1880. Tio år senare gjorde fransmännen en samordnad insats för att ockupera interiören. Tidpunkten och de bosatta militära guvernörerna bestämde metoder för deras framsteg. En fransk civil guvernör i Soudan utsågs 1893, men motståndet mot den franska kontrollen slutade inte förrän 1898 när Malinké-krigaren Samory Touré besegrades efter 7 års krig. Fransmännen försökte regera indirekt, men på många områden ignorerade de traditionella myndigheter och styrde genom utnämnda chefer.
Som kolonin franska Soudan administrerades Mali tillsammans med andra franska koloniala territorier som Federation of French West Africa. 1956 med antagandet av Frankrikes grundlag (Loi Cadre), fick den territoriella församlingen omfattande befogenheter över inre angelägenheter och tilläts bilda ett kabinett med verkställande myndighet i frågor inom församlingens behörighet. Efter den franska konstitutionella folkomröstningen 1958, Republique Soudanaise blev medlem av den franska gemenskapen och åtnjöt fullständig intern autonomi.
I januari 1959 anslöt sig Soudan till Senegal för att bilda Mali-federationen, som blev helt oberoende inom den franska gemenskapen den 20 juni 1960. Federationen kollapsade den 20 augusti 1960, då Senegal avskedade. Den 22 september utropade Soudan sig Republiken Mali och drog sig tillbaka från franska gemenskapen.
President Modibo Keita - vars parti Union Soudanaise-Rassemblement Démocratique Africain (USA-RDA, sudanesisk union-afrikansk demokratisk rally) hade dominerat politiken före oberoende - flyttade snabbt för att förklara en enpartistat och att driva en socialistisk politik baserad på omfattande nationalisering. En ständigt försämrad ekonomi ledde till ett beslut att åter anslutas till Franc Zone 1967 och ändra några av de ekonomiska överskotten.
Den 19 november 1968 arrangerade en grupp unga officerare en blodlös kupp och inrättade en 14-medlemmars militärkommitté för nationell befrielse (CMLN), med lt Moussa Traoré som ordförande. Militärledarna försökte genomföra ekonomiska reformer men mötte under flera år försvagande inre politiska kampar och den katastrofala Saheliska torka. En ny konstitution, som godkändes 1974, skapade en enpartistat och utformades för att flytta Mali mot civilt styre. Men de militära ledarna förblev vid makten.
I september 1976 inrättades ett nytt politiskt parti, Union Démocratique du Peuple Malien (UDPM, Democratic Union of the Malian People) baserat på begreppet demokratisk centralism. Enparts president- och lagstiftningsval hölls i juni 1979, och general Moussa Traoré fick 99% av rösterna. Hans ansträngningar för att konsolidera enpartsregeringen utmanades 1980 av studentledda, anti-regeringsdemonstrationer, som brutalt sattes ner, och av tre kuppförsök.
Den politiska situationen stabiliserades under 1981 och 1982 och förblev generellt lugn under 1980-talet. Regeringen uppmärksammade Malis ekonomiska svårigheter och utarbetade ett nytt avtal med Internationella valutafonden (IMF). År 1990 ökade dock missnöje med kraven på åtstramningar som ställts av IMF: s ekonomiska reformprogram och uppfattningen att presidenten och hans närstående inte själva uppfyllde dessa krav.
Eftersom kraven på flertalsdemokrati ökade gjorde Traoré-regeringen en viss öppning av systemet (inrättandet av en oberoende press och oberoende politiska föreningar) men insisterade på att Mali inte var redo för demokrati.
I början av 1991 bröt ut igen studentledd, anti-regeringsuppror, men denna gång stödde regeringsarbetare och andra det. Den 26 mars 1991, efter fyra dagar av intensivt uppror mot regeringen, arresterade en grupp av 17 militärtjänstemän president Moussa Traoré och avbröt konstitutionen. Amadou Toumani Touré tog makten som ordförande för övergångskommittén för människors räddning. Ett utkast till konstitution godkändes vid en folkomröstning den 12 januari 1992 och politiska partier fick bilda. Den 8 juni 1992, Alpha Oumar Konaré, kandidat till Alliance pour la Démocratie en Mali (ADEMA, Alliance for Democracy in Mali) invigdes som presidenten för Malis tredje republik.
1997 försökte förnya nationella institutioner genom demokratiska val till administrativa svårigheter, vilket resulterade i en domstolsordnad ogiltigförklaring av det lagstiftande valet som hölls i april 1997. Det visade dock den överväldigande styrkan hos president Konarés ADEMA-parti, vilket orsakade en del andra historiska partier för att bojkotte efterföljande val. President Konaré vann presidentvalet mot liten opposition den 11 maj.
Allmänna val organiserades i juni och juli 2002. President Konare sökte inte omval sedan han tjänade sin andra och sista mandatperiod som krävs av konstitutionen. Pensionerad general Amadou Toumani Touré, tidigare statschef under Malis övergång (1991-1992) blev landets andra demokratiskt valda president som en oberoende kandidat 2002 och omvaldes till en andra femårsperiod 2007.