Justin var brorson till kejsaren Justinian: son till Justinians syster Vigilantia. Som medlem av den kejserliga familjen fick han en grundlig utbildning och åtnjöt betydande fördelar som inte var tillgängliga för mindre medborgare i östra Romerska riket. Hans mäktiga ställning kan vara varför han hade ett extremt självförtroende som ofta kunde betraktas som arrogans.
Justinian hade inga egna barn, och det förväntades därför att en av sönerna och barnbarnen till kejsarens syskon skulle ärva kronan. Justin hade, liksom flera av hans kusiner, en mängd supportrar både inom och utan palatsmiljön. Vid tiden när Justinian närmade sig slutet av sitt liv hade bara en annan utmanare någon verklig chans att lyckas med kejsaren: son till Justin's kusin Germanus, även kallad Justin. Denna andra Justin, en man med betydande militär förmåga, anses av vissa historiker ha varit en bättre kandidat för positionen som härskare. Tyvärr för honom kan kejsarens nostalgiska minne av sin avlidne fru Theodora ha skadat hans chanser.
Kejsaren är välkänd för att ha förlitat sig starkt på sin fru ledning, och Theodoras inflytande kan tydligt ses i några av de lagar som Justinian antog. Det är möjligt att hennes personliga ogillar mot Germanus förhindrade hennes make från att bilda någon allvarlig koppling till Germanus barn, inklusive Justin. Dessutom var den framtida kejsaren Justin II gift med Theodoras systerdotter Sophia. Därför är det troligt att Justinianus hade varmare känslor för mannen som skulle lyckas honom. Och kejsaren kallade verkligen sin brorson Justin till kontoret till cura palatii. Detta kontor hade vanligtvis varit innehas av en individ med ranglistan, som såg till de allmänna dagliga affärsfrågorna i palatset, men efter att Justin nominerades tilldelades titeln vanligtvis medlemmar av den kejserliga familjen eller ibland utländska prinser.
Vidare, när Justinian dog, bevakade den andra Justin Donau-gränsen i sin roll som mästaren av soldaterna i Illyricum. Den framtida kejsaren var i Konstantinopel, redo att utnyttja alla möjligheter.
Den möjligheten kom med Justinians oväntade död.
Justinian kan ha varit medveten om hans dödlighet, men han gjorde ingen möjlighet till en efterträdare. Han dog plötsligt natten den 14/15 november 565, och har aldrig officiellt namngivit vem som skulle ta upp sin krona. Detta hindrade inte Justin's supportrar från att manövrera honom på tronen. Även om Justinian troligen dog i sömnen, hävdade kammaren Callinicus att kejsaren hade utsett Vigilantias son till hans arvtagare med sitt döende andetag.
Under de tidiga morgontimmarna den 15 november rusade kammaren och en grupp senatorer som hade väckts från deras sömn till Justin's palats, där de möttes av Justin och hans mor. Callinicus berättade om kejsarens döende önskan och trots att han gjorde en motvilja, gav Justin snabbt samtycke till senatorernas begäran om att ta upp kronan. Eskorterade av senatorerna tog Justin och Sophia vägen till Stora palatset, där excubitorerna blockerade dörrarna och patriarken krönade Justin. Innan resten av staden till och med visste att Justinian var död, fick de en ny kejsare.
På morgonen dök Justin upp i den kejserliga lådan på Hippodromen, där han riktade folket. Nästa dag krönade han sin fru Augusta. Och inom några veckor mördades den andra Justin. Även om de flesta på dagen skyllde Sophia, verkar det ingen tvekan om att den nya kejsaren själv stod bakom mordet.
Justin började sedan arbeta för att få folket stöd.
Justinianus hade lämnat imperiet i ekonomiska svårigheter. Justin betalade sin föregångares skulder, betalade försenade skatter och sänkte utgifterna. Han återställde också konsulatet som upphörde 541. Allt detta hjälpte den lokala ekonomin, som fick Justin höga poäng från adeln och den allmänna befolkningen.
Men saker och ting var inte alla rosa i Konstantinopel. Under det andra året av Justin regerade en konspiration ägde rum, möjligen motiverat av det andra Justins politiska mord. Senatorerna Aetherios och Addaios planerade uppenbarligen för att förgifta den nya kejsaren. Aetherios erkände och namngav Addaeus som hans medbrottsling och båda avrättades. Det gick betydligt smidigare efter det.
Acacian Schism som delade kyrkan i slutet av femte och början av sjätte århundradet hade inte avslutats med avskaffande av den kättarfilosofi som utlöste splittringen. Monofysitkyrkor hade vuxit och blivit förankrade i det östra romerska riket. Theodora hade varit en fast monofysit och när Justinian åldrades hade han blivit mer och mer benägen mot den kättarfilosofin.
Ursprungligen visade Justin en ganska liberal religiös tolerans. Han lade monofysitkyrkor frigöra från fängelset och tillät förvisade biskopar att komma hem. Justin ville tydligen förena de olika monofysitiska fraktionerna och i slutändan återförena den kättersekt med den ortodoxa synvinkeln (uttryckt vid rådet i Chalcedon). Olyckligtvis möttes alla försök som han gjorde för att underlätta samstämmighet med vägran från okända monofysitekstremister. Så småningom vände sig hans tolerans till hans egen envis, och han inrättade en förföljelsespolitik som varade så länge han hade kontroll över imperiet.
Justinian hade använt en mängd olika metoder för att bygga, underhålla och bevara byzantinska länder och hade lyckats förvärva territorium i Italien och södra Europa som hade varit en del av det gamla romerska imperiet. Justin var fast besluten att förstöra imperiets fiender och var ovillig att kompromissa. Inte länge efter att han uppnådde tronen fick han emissärer från Avars och vägrade dem subventionerna som hans farbror hade beviljat dem. Han bildade sedan en allians med de västra turkarna i Centralasien, med vilka han kämpade mot avarna och eventuellt perserna,.