Efter Berlinmurens fall 1989 arbetade de två oberoende länderna på motsatta sidor av järnridån - östra Tyskland och Västtyskland - för att förena sig efter mer än 40 år som separata enheter. Med denna förening kom frågan, "Vilken stad ska vara huvudstad i ett nyförenat Tyskland-Berlin eller Bonn?"
Med höjningen av den tyska flaggan den 3 oktober 1990, slogs de två tidigare länderna (den tyska demokratiska republiken och Förbundsrepubliken Tyskland) samman för att bli ett enhetligt Tyskland. Med den fusionen måste ett beslut fattas om vad som skulle bli det nya kapitalet. Tysklands huvudstad för andra världskriget hade varit Berlin, och huvudstaden i Östtyskland hade varit östra Berlin. Västra Tyskland flyttade huvudstaden till Bonn efter uppdelningen i två länder.
Efter enandet började Tysklands parlament, Bundestag, inledningsvis i Bonn. Men under de ursprungliga villkoren i enhetsfördraget mellan de två länderna förenades dock Berlin också staden och blev, åtminstone i namn, huvudstaden i det återförenade Tyskland.
En smal röst från Bundestag den 20 juni 1991, med 337 röster för Berlin och 320 röster för Bonn, beslutade att Bundestag och många regeringskontor i slutändan och officiellt skulle flytta från Bonn till Berlin. Omröstningen delades snävt, och de flesta parlamentsledamöter röstade i geografiska gränser.
Innan Tysklands uppdelning efter andra världskriget var Berlin landets huvudstad. Med uppdelningen i Östtyskland och Västtyskland uppdelades staden Berlin (helt omgiven av östtyskland) i östra Berlin och västra Berlin, uppdelat av Berlinmuren.
Eftersom Västberlin inte kunde fungera som en praktisk huvudstad för Västtyskland valdes Bonn som ett alternativ. Processen att bygga Bonn som huvudstad tog cirka åtta år och mer än 10 miljarder dollar.
Flytten 370 mil (595 kilometer) från Bonn till Berlin i nordost försenades ofta av konstruktionsproblem, planändringar och byråkratisk immobilisering. Mer än 150 nationella ambassader måste byggas eller utvecklas för att tjäna som utländsk representation i den nya huvudstaden.
Slutligen, den 19 april 1999, träffades den tyska förbundsdagen i Reichstag-byggnaden i Berlin för att signalera överföringen av Tysklands huvudstad från Bonn till Berlin. Före 1999 hade det tyska parlamentet inte träffats på Reichstag sedan Reichstag-branden 1933. Den nyrenoverade Reichstag inkluderade en glaskupol, som symboliserade ett nytt Tyskland och en ny huvudstad.
En akt i 1994 i Tyskland fastställde att Bonn skulle behålla statusen som Tysklands andra officiella huvudstad och som det andra officiella hemmet för kansler och Tysklands president. Dessutom skulle sex regeringsministerier (inklusive försvar) behålla sitt huvudkontor i Bonn.
Bonn kallas "Federal City" för sin roll som Tysklands andra huvudstad. Enligt New York Times, från och med 2011, "Av de 18 000 tjänstemän som är anställda i den federala byråkratin, är mer än 8000 fortfarande i Bonn."
Bonn har en ganska liten befolkning (över 318 000) för sin betydelse som Tysklands federala stad eller andra huvudstad, ett land med mer än 80 miljoner (Berlin har nästan 3,4 miljoner). Bonn har på skämt kallats Bundeshauptstadt ohne nennenswertes Nachtleben (federalt huvudstad utan anmärkningsvärt nattliv). Trots sin lilla storlek hade många (vilket framgår av Bundestagens nära röst) hoppats att den pittoreska universitetsstaden Bonn skulle bli det moderna hemmet för återförenade Tysklands huvudstad.
Vissa tyskar ifrågasätter idag ineffektiviteten i att ha mer än en huvudstad. Kostnaden för att flyga människor och dokument mellan Bonn och Berlin fortlöpande kostar miljoner euro varje år.
Tysklands regering kunde bli mycket effektivare om tid och pengar inte slösas bort på transporttid, transportkostnader och uppsägningar på grund av att behålla Bonn som det andra huvudstaden. Åtminstone under överskådlig tid kommer Tyskland att behålla Berlin som huvudstad och Bonn som minihovedstad.