Robert E. Lee var befälhavare för armén i norra Virginia från 1862 till inbördeskrigets slut. I denna roll var han utan tvekan den viktigaste generalen i inbördeskriget. Hans förmåga att få mest ut av sina befälhavare och män tillät konfederationen att upprätthålla sin motstånd mot norr mot ökande odds. Lee var den viktigaste befälhavaren i flera inbördeskrigstrider.
Detta var den första striden där general Lee ledde konfedererade trupper under inbördeskriget och tjänade under brigadgeneral Albert Rust. Han kämpade mot brigadgeneral Joseph Reynolds förankringar på toppen av Cheat Mountain i västra Virginia. Det federala motståndet var hårt och Lee avbröt så småningom attacken. Han återkallades till Richmond den 30 oktober och uppnådde få resultat i västra Virginia. Detta var en unions seger.
Den 1 juni 1862 fick Lee befäl av armén i norra Virginia. Mellan 25 juni och 1 juli 1862 ledde han sina trupper in i sju slag, tillsammans kallade Battles of Seven Days.
Den mest avgörande striden i Northern Virginia-kampanjen, trupper ledda av Lee, Jackson och Longstreet kunde göra en enorm vinst för Confederacy.
Denna strid inträffade som en del av Maryland-kampanjen. Unionens armé kunde ta över Lees position på South Mountain. Men McClellan misslyckades med att förfölja Lees förintade armé den 15: e, vilket innebar att Lee hade tid att omgruppera i Sharpsburg.
McClellan träffades slutligen med Lees trupper den 16: e. Den blodigaste stridsdagen under inbördeskriget inträffade den 17 september. De federala trupperna hade en enorm fördel i antal, men Lee fortsatte att slåss med alla sina styrkor. Han kunde hålla av med det federala framsteget medan hans trupper drog sig tillbaka över Potomac till Virginia. Resultaten var otvetydiga men strategiskt viktiga för unionens armé.
Unionens generalmajor Ambrose Burnside försökte ta Fredericksburg. De konfedererade ockuperade de omgivande höjderna. De avvisade många attacker. Burnside beslutade i slutändan att dra sig tillbaka. Detta var en konfedererad seger.
Av många ansågs vara Lees största seger, marscherade han sina trupper för att möta de federala trupperna som försökte gå vidare i konfedererade position. Unionstyrkan under ledning av generalmajor Joseph Hooker beslutade att bilda ett försvar i Chancellorsville. "Stonewall" Jackson ledde sina trupper mot den utsatta federala vänsterflanken och krossade fienden på ett avgörande sätt. I slutändan bröt unionens linje och de drog sig tillbaka. Lee förlorade en av sina mest kapabla generaler när Jackson dödades av vänlig eld. Detta var en konfedererad seger.
I slaget vid Gettysburg försökte Lee ett fullständigt angrepp mot unionens styrkor under ledning av generalmajor George Meade. Kampen var hård på båda sidor. Unionens armé kunde emellertid avvisa konfederaterna. Detta var en viktig unionsseger.
Slaget vid vildmarken var den första av general Ulysses S. Grants offensiv i norra Virginia under Overland-kampanjen. Kampen var hård, men resultaten var otvetydiga. Grant drog sig dock inte tillbaka.
Grant och Meade försökte fortsätta sin marsch till Richmond i Overland-kampanjen men stoppades vid Spotsylvania Courthouse. Under de kommande två veckorna inträffade ett antal strider, vilket resulterade i 30 000 totala skadade. Resultaten var otvetydiga, men Grant kunde fortsätta sin marsch till Richmond.
Unionens armé under Grant fortsatte att göra sina framsteg i Overland-kampanjen. De tog sig vidare till Cold Harbor. Men den 2 juni befann sig båda arméerna på stridsfältet som sträckte sig sju mil. Grant beordrade en attack som resulterade i en rutin för hans män. Han lämnade så småningom stridsfältet och valde att närma sig Richmond genom den mindre väl försvarade staden Petersburg. Detta var en konfedererad seger.
Unionens armé korsade James River vid Deep Bottom för att börja hota Richmond. De lyckades emellertid då konfedererade kontringar drev dem ut. De drog sig så småningom tillbaka till andra sidan James River.
General Robert E. Lee försökte vid Appomattox Court House att fly från unionens trupper och gå mot Lynchburg, där leveranser väntade. Unionens förstärkningar gjorde emellertid detta omöjligt. Lee kapitulerade till Grant.