Slaget vid Lepanto var ett viktigt marinengagemang under kriget mellan osmanska och Habsburg. Den heliga ligan besegrade ottomänerna i Lepanto den 7 oktober 1571.
Efter döden av Suleiman den magnifika och uppstigningen av Sultan Selim II till den osmanska tronen 1566 inleddes planer för att eventuellt fånga Cypern. Hållen av venetierna sedan 1489 hade ön till stor del blivit omringad av osmanska ägodelar på fastlandet och erbjöd en säker hamn för korsstolar som rutinmässigt angrep osmansk sjöfart. I slutet av en utdragen konflikt med Ungern 1568 flyttade Selim framåt med sina mönster på ön. Han landade en invasionstyrka 1570 och fångade ottomanerna Nicosia efter en blodig beläggning på sju veckor och vann flera segrar innan de anlände till den sista venetianska fästningen i Famagusta. De kunde inte tränga igenom stadens försvar och beleirade i september 1570. I ett försök att öka stödet för den venetianska kampen mot ottomanerna arbetade påven Pius V outtröttligt för att bygga en allians från de kristna staterna i Medelhavet.
1571 samlade de kristna makterna i Medelhavet en stor flotta för att möta det växande hotet från det osmanska riket. Samlingen i Messina, Sicilien i juli och augusti leddes den kristna styrkan av Don John av Österrike och innehöll fartyg från Venedig, Spanien, de påvliga staterna, Genua, Savojen och Malta. Segla under banan för den heliga ligan, bestod Don Johns flotta av 206 galies och 6 gallass (stora galjer som monterade artilleri). När man rodde österut pausade flottan vid Viscardo i Kefalonia där den fick veta om Famagustaas fall och tortyr och dödande av de venetianska befälhavarna där. Varaktigt dåligt väder Don John pressade till Sami och anlände den 6 oktober. Då han återvände till havet nästa dag, kom Holy League-flottan in i Patrasbukten och mötte snart Ali Pasas ottomanska flotta.
Ali Pasha, som befallde 230 galies och 56 gallioter (små galjer), hade lämnat sin bas vid Lepanto och flyttat västerut för att fånga Holy League: s flotta. När flottorna såg varandra bildade de sig för strid. För den heliga ligan, Don John, ombord på byssan Verklig, delade sin styrka i fyra divisioner, med venetierna under Agostino Barbarigo till vänster, själv i mitten, genoserna under Giovanni Andrea Doria till höger och en reserv som leddes av Álvaro de Bazán, Marquis de Santa Cruz i baksidan. Dessutom drev han ut gallass framför sina vänster- och mittenavdelningar där de kunde bombardera den osmanska flottan.
Flyger sin flagga från Sultana, Ali Pasha ledde det osmanska centret, med Chulouk Bey till höger och Uluj Ali till vänster. När striden öppnades sjönk Holy League: s gallass två galerier och störde de osmanska formationerna med deras eld. När flottorna närmade sig Doria såg att Uluj Alis linje sträckte sig utöver hans egen. Doria växlade söderut för att undvika att bli flankerad och öppnade en klyfta mellan hans division och Don John's. Uluj Ali såg hålet och vände norrut och attackerade in i gapet. Doria svarade på detta och snart var hans fartyg dueller med Uluj Alis.
I norr lyckades Chulouk Bey att vända Holy League: s vänstra flank, men bestämde motstånd från venetierna, och den snabba ankomsten av en gallass, slog av attacken. Strax efter att striden började hittade de två flaggskeppen varandra och en desperat kamp började mellan Verklig och Sultana. Låst ihop avvisades spanska trupper två gånger när de försökte gå ombord på den osmanska galen och förstärkningar från andra fartyg behövdes för att vända tidvattnet. Vid det tredje försöket, med hjälp av Álvaro de Bazán's kök, kunde Don Johns män ta Sultana döda Ali Pasha i processen.
Mot Don Johns önskemål halshuggs Ali Pasha och huvudet visades på en gädda. Synen på deras befälhavares huvud påverkade den osmanska moralen allvarligt och de började dra sig tillbaka runt klockan 16.00. Uluj Ali, som hade framgång mot Doria och fångade det maltesiska flaggskeppet Capitana, drog sig tillbaka med sexton galejer och tjugofyra gallioter.
Vid slaget vid Lepanto förlorade Holy League 50 galerier och led cirka 13 000 skadade. Detta motverkades av att ett liknande antal kristna slavar frigjort från de osmanska fartygen. Förutom Ali Pasas död, förlorade ottomanerna 25 000 dödade och sårade och ytterligare 3 500 fångades. Deras flotta förlorade 210 fartyg, varav 130 fångades av Holy League. Kommer till det som sågs som en krispunkt för kristendomen, stod segern på Lepanto osmanska expansionen i Medelhavet och förhindrade deras inflytande från att spridas västerut. Trots att Holy League-flottan inte kunde utnyttja sin seger på grund av vintervädret, bekräftade operationerna under de kommande två åren effektivt en delning av Medelhavet mellan de kristna staterna i väst och ottomänerna i öst.