I kemi finns det tre möjliga definitioner av termen "konjugat".
(1) Ett konjugat avser en förening bildad genom sammanfogning av två eller flera kemiska föreningar.
(2) I Bronsted-Lowry-teorin om syror och baser avser termen konjugat en syra och en bas som skiljer sig från varandra med en proton. När en syra och bas reagerar, bildar syran sin konjugatbas medan basen bildar den konjugatsyra:
syra + bas ⇆ konjugatbas + konjugatsyra
För en sur HA är ekvationen skriven:
HA + B ⇆ A- + HB+
Reaktionspilen pekar både vänster och höger eftersom reaktionen vid jämvikt inträffar både i framåtriktningen för att bilda produkter och i omvänd riktning för att omvandla produkter tillbaka till reaktanter. Syran tappar en proton för att bli dess konjugatbas A- när basen B accepterar en proton för att bli dess konjugatsyra HB+.
(3) Konjugation är överlappningen av p-orbitaler över en σ-bindning (sigma-bindning). I övergångsmetaller kan d-orbitaler överlappa varandra. Orbitalerna har delokaliserade elektroner när det finns alternerande enkel- och multipelbindningar i en molekyl. Obligationer växlar i en kedja så länge varje atom har en tillgänglig p-orbital. Konjugering tenderar att sänka molekylens energi och öka dess stabilitet.
Konjugering är vanligt vid ledning av polymerer, kolananorör, grafen och grafit. Det ses i många organiska molekyler. Bland andra applikationer kan konjugerade system bilda kromoforer. Kromoforer är molekyler som kan absorbera vissa våglängder av ljus, vilket leder till att de färgas. Kromoforer finns i färgämnen, ögonets fotoreceptorer och lyser i de mörka pigmenten.