De tidigaste mänskliga förfäderna tros ha kommit från kontinenten i Afrika. När primater anpassades och sedan förgrenades till många olika arter på livets träd, uppstod linjen som så småningom blev vår moderna människa. Eftersom ekvatorn skär direkt genom Afrika, får länderna där nästan direkt solljus året runt. Detta direkta solljus, med ultravioletta strålar, och de varma temperaturerna det ger tryck för det naturliga valet av mörk hudfärg. Pigment, som melanin i huden, skyddar mot dessa skadliga solstrålar. Detta höll individer med mörkare hud levande längre och de skulle reproducera och överföra de mörkhåriga generna till deras avkommor.
Huvudgenen som styr ögonfärg är relativt nära kopplad till generna som orsakar hudfärg. Det antas att de forntida mänskliga förfäderna alla hade mörkbruna eller nästan svartfärgade ögon och mycket mörkt hår (som också kontrolleras av kopplade gener till ögonfärg och hudfärg). Även om bruna ögon fortfarande anses vara mest dominerande övergripande ögonfärger, finns det flera olika ögonfärger som man lätt kan se nu i den globala människopopulationen. Så var kom alla dessa ögonfärger ifrån?
Medan bevis fortfarande samlas in, är de flesta forskare eniga om att det naturliga urvalet för de ljusare ögonfärgerna är kopplat till avslappningen av urvalet för de mörkare hudtonerna. När mänskliga förfäder började migrera till olika platser runt om i världen var trycket för val av mörk hudfärg inte lika intensivt. Särskilt onödigt för mänskliga förfäder som bosatte sig i vad som nu är de västeuropeiska länderna, val av mörk hud och mörka ögon var inte längre nödvändigt för överlevnad. Dessa mycket högre breddegrader gav olika årstider och inget direkt solljus som nära ekvatorn på Afrikas kontinent. Eftersom selektionstrycket inte längre var lika intensivt var gener mer benägna att mutera.
Ögonfärg är lite komplex när man talar om genetik. Färgen på mänskliga ögon dikteras inte av en enda gen som många av de andra egenskaperna. I stället betraktas det som ett polygen drag, vilket innebär att det finns flera olika gener på olika kromosomer som innehåller information om vilken ögonfärg en individ bör ha. Dessa gener, när de uttrycks, smälter sedan samman för att göra olika nyanser av olika färger. Avslappnat urval för mörk ögonfärg tillät också fler mutationer att ta tag. Detta skapade ännu fler alleler tillgängliga för att kombinera i genpoolen för att skapa olika ögonfärger.
Individer som kan spåra sina förfäder till västeuropeiska länder har vanligtvis en ljusare hudfärg och ljusare ögonfärg än de från andra delar av världen. Vissa av dessa individer har också visat delar av sitt DNA som var mycket lika dem i den länge utrotade neandertal-linjen. Neandertalarna ansågs ha ljusare hår- och ögonfärger än deras Homo sapien kusiner.
Nya ögonfärger kan möjligen fortsätta att utvecklas när mutationer byggs upp över tid. Eftersom individer av olika nyanser av ögonfärger avlar med varandra, kan blandningen av dessa polygena drag också resultera i att nya ögonfärger uppstår. Sexuell urval kan också förklara några av de olika ögonfärgerna som dyker upp över tid. Parning, hos människor, tenderar att vara icke-slumpmässigt och som en art kan vi välja våra kompisar baserat på önskvärda egenskaper. Vissa individer kan hitta en ögonfärg mycket mer tilltalande över en annan och välja en kompis med den ögonfärgen. Sedan överförs dessa gener till deras avkommor och fortsätter att vara tillgängliga i genpoolen.