En skelettstruktur är en grafisk representation av arrangemanget av atomer och bindningar i en molekyl.
Skelettstrukturer visas i två dimensioner där elementssymboler används för atomerna och solida linjer för att representera bindningar mellan dem. Flera bindningar representeras av flera solida linjer. Dubbelbindningar visas med två linjer och trippelbindningar visas med tre linjer.
Kolatomer antyds när två bindningar möts och ingen atom listas. Väteatomer antyds när antalet bindningar är mindre än fyra på en kolatom. Väteatomer visas om de inte är bundna till en kolatom.
3D-arrangemang representeras av fasta och hashade kilar. Solida kilar innebär bindningar som kommer mot betraktaren och hashade kilar är bindningar som pekar bort från betraktaren.