Shimabara-upproret var en bondrevol mot Matsukura Katsuie från Shimabara-domänen och Terasawa Katataka i Karatsu-domänen.
Kampen mellan 17 december 1637 och 15 april 1638 varade Shimabara-upproret i fyra månader.
Shimabara rebeller
Tokugawa Shogunate
Ursprungligen länderna i familjen Christian Arima, Shimabara-halvön gavs Matsukura-klanen 1614. Som ett resultat av deras tidigare lords religiösa anslutning var många av invånarna på halvön också kristna. Den första av de nya herrarna, Matsukura Shigemasa, sökte framsteg inom Tokugawa Shogunates rang och hjälpte till med byggandet av Edo Castle och en planerad invasion av Filippinerna. Han förde också en strikt förföljelsespolitik mot lokala kristna.
Medan kristna förföljdes i andra områden i Japan, ansågs graden av Matsukuras förtryck vara särskilt extrem av utomstående som lokala holländska handlare. Efter att ha tagit över sina nya länder byggde Matsukura ett nytt slott vid Shimabara och såg att Arima-klanens gamla säte, Hara Castle, demonterades. För att finansiera dessa projekt tog Matsukura tunga skatter på sitt folk. Denna politik fortsatte av hans son, Matsukura Katsuie. En liknande situation utvecklades på de angränsande Amakusaöarna där Konishi-familjen hade förskjutits till förmån för Terasawas.
Hösten 1637 började den missnöjda befolkningen såväl som lokala, mästlösa samurajer att träffas i hemlighet för att planera ett uppror. Detta bröt ut i Shimabara och Amakusaöarna den 17 december efter mordet på den lokala daikanen (skattemyndigheten) Hayashi Hyôzaemon. Under upprorets tidiga dagar dödades regionens guvernör och mer än trettio adelsmän. Upprorets rad svällde snabbt när alla som bodde i Shimabara och Amakusa tvingades ansluta sig till rebellarméens led. Den karismatiska 14/16-åriga Amakusa Shiro valdes ut för att leda upproret.
I ett försök att ta bort revolten sände guvernören i Nagasaki, Terazawa Katataka, en styrka av 3000 samurajer till Shimabara. Denna styrka besegrades av rebellerna den 27 december 1637, och guvernören förlorade alla utom 200 av sina män. Med initiativet gjorde rebellerna belägring av Terazawa-klanens slott vid Tomioka och Hondo. Dessa visade sig misslyckade eftersom de tvingades överge båda belägringarna inför de framskridna shogunerade arméerna. Genom att korsa Ariakehavet till Shimabara lade rebellarmén belägringen till Shimabara-slottet men kunde inte ta det.
Tillbakadragande till ruinerna av Hara Castle förstärkte de platsen med trä från deras fartyg. Tillhandahållande av Hara med mat och ammunition som beslagtogs från Matsukuras förrådshus i Shimabara, de 27 000-37 000 rebellerna som var beredda att ta emot de shogunate arméerna som anlände till området. Under ledning av Itakura Shigemasa lade shogunatstyrkor belägringen till Hara-slottet i januari 1638. I undersökning av situationen begärde Itakura hjälp från nederländarna. Som svar skickade Nicolas Koekebakker, chef för handelsstationen i Hirado, krutt och kanon.
Därefter begärde Itakura att Koekebakker skulle skicka ett fartyg för att bombardera sjön vid Hara slott. Anländer till de Ryp (20), Koekebakker och Itakura inledde ett ineffektivt 15-dagars bombardement av rebellens position. Efter att ha varit hånad av rebellerna skickade Itakura de Ryp tillbaka till Hirado. Han dödades senare i en misslyckad attack på slottet och ersattes av Matsudaira Nobutsuna. För att återfå initiativet startade rebellerna en stor nattramp den 3 februari, som dödade 2 000 soldater från Hizen. Trots denna lilla seger förvärrades rebellens situation när bestämmelserna minskade och fler rakade trupper anlände.
I april mötte de 27 000 återstående rebellerna över 125 000 shogunerade krigare. Med lite val kvar, försökte de bryta ut den 4 april, men kunde inte komma igenom Matsudairas linjer. Fångar som togs under striden avslöjade att rebellens mat och ammunition nästan var uttömd. Flytta framåt, shogunerade trupper attackerade den 12 april och lyckades ta Haras yttre försvar. För att fortsätta lyckades de äntligen ta slottet och avsluta upproret tre dagar senare.
Efter att ha tagit slottet avrättade de shogunerade trupperna alla rebeller som fortfarande levde. Detta tillsammans med dem som begick självmord före slottets fall, innebar att hela 27.000-man-garnisonen (män, kvinnor och barn) dog som ett resultat av striden. Alla berättade dödades ungefär 37 000 rebeller och sympatisörer. Som upprorets ledare halshuggs Amakusa Shiro och hans huvud togs tillbaka till Nagasaki för visning.
Eftersom Shimabara-halvön och Amakusaöarna väsentligen blev avfolkade av upproret, togs nya invandrare in från andra delar av Japan och länderna delades in i en ny uppsättning lordar. Genom att ignorera den roll som överbeskattning spelade för att orsaka upproret valde shogunaten att skylla på de kristna. Japanska kristna officiellt förbjöd tron och tvingades under jord där de stannade kvar till 1800-talet. Dessutom stängde Japan sig för omvärlden, vilket bara tillät några holländska köpmän att stanna kvar.