Ursprunget till det mexikansk-amerikanska kriget kan till stor del spåras tillbaka till att Texas vann sitt oberoende från Mexiko 1836. Efter hans nederlag vid slaget vid San Jacinto (4/21/1836) fångades den mexikanska general Antonio López de Santa Anna och tvingas erkänna suveräniteten i Texas i utbyte mot hans frihet. Den mexikanska regeringen vägrade emellertid att hedra Santa Anna: s avtal och uppgav att han inte var behörig att göra ett sådant avtal och att det fortfarande betraktade Texas som en provins i uppror. Alla tankar som den mexikanska regeringen hade om att återhämta territoriet snabbt eliminerades när den nya republiken Texas fick diplomatiskt erkännande från USA, Storbritannien och Frankrike.
Under de kommande nio åren föredrog många texaner öppet annektering av Förenta staterna, men Washington avvisade frågan. Många i norr var oroliga för att lägga till en annan "slav" -stat till unionen, medan andra var oroliga för att provocera en konflikt med Mexiko. 1844 valdes demokraten James K. Polk till ordförandeskapet på en plattform för annektering. Genom att agera snabbt inledde hans föregångare, John Tyler, statsförfaranden i kongressen innan Polk tillträdde. Texas gick officiellt med i unionen den 29 december 1845. Som svar på denna åtgärd hotade Mexiko krig men övertalades mot det av briterna och franska.
När annekteringen diskuterades i Washington 1845 eskalerade kontroverser över platsen för den södra gränsen till Texas. Republiken Texas uppgav att gränsen låg vid Rio Grande som anges i Velasco-fördragen som hade avslutat Texas Revolution. Mexiko hävdade att floden som anges i dokumenten var Nueces som låg ungefär 150 mil längre norrut. När Polk offentligt stödde den texanska ställningen, började mexikanerna samla män och skickade trupper över Rio Grande in i det omtvistade territoriet. Som svar svarade Polk brigadgeneral Zachary Taylor att ta en styrka söderut för att verkställa Rio Grande som gränsen. I mitten av 1845 etablerade han en bas för sin "Ockupationsarmé" på Corpus Christi nära munen till Nueces.
I ett försök att minska spänningarna skickade Polk ut John Slidell som ministerröstföreträdare till Mexiko i november 1845 med order att inleda samtal om Förenta staterna köper mark av mexikanerna. Specifikt skulle Slidell erbjuda upp till 30 miljoner dollar i utbyte mot att lokalisera gränsen vid Rio Grande samt territorierna Santa Fe de Nuevo Mexiko och Alta Kalifornien. Slidell bemyndigades också att förlåta de tre miljoner dollar i skadestånd som skyldas amerikanska medborgare från det mexikanska självständighetskriget (1810-1821). Detta erbjudande vägrade av den mexikanska regeringen, vilket på grund av intern instabilitet och allmänhetens press var ovillig att förhandla. Situationen blev ytterligare inflammerad när ett parti under ledning av den noterade utforskaren kapten John C. Frémont anlände till norra Kalifornien och började agitera amerikanska nybyggare i regionen mot den mexikanska regeringen.
I mars 1846 fick Taylor order från Polk att flytta söderut till det omtvistade territoriet och etablera en position längs Rio Grande. Detta tillskyndades av den nya mexikanska presidenten Mariano Paredes som i sin invigningsadress förklarade att han hade för avsikt att upprätthålla den mexikanska territoriella integriteten till Sabine-floden, inklusive hela Texas. När han når floden mittemot Matamoros den 28 mars riktade Taylor kapten Joseph K. Mansfield att bygga ett lantstjärnfort, kallad Fort Texas, på norra banken. Den 24 april anlände general Mariano Arista till Matamoros med cirka 5 000 män.
Följande kväll, medan han ledde 70 amerikanska drakoner för att undersöka en hacienda i det omtvistade territoriet mellan floderna, snubblade kapten Seth Thornton mot en styrka av 2 000 mexikanska soldater. En hård brandkämpning följde och 16 av Thorntons män dödades innan resten tvingades överlämna. Den 11 maj 1846 bad Polk, med hänvisning till Thornton Affair, kongressen att förklara krig mot Mexiko. Efter två dagars debatt röstade kongressen för krig utan att veta att konflikten redan hade eskalerat.