Platsen för Shanidar Cave ligger intill den moderna byn Zawi Chemi Shanidar i norra Kurdiska Irak, på Zab-floden i Zagrosbergen, en av Tigrisflodens stora bifloder. Mellan 1953 och 1960 återvanns skelettresterna från nio neandertal från grottan, vilket gjorde den till en av de viktigaste neandertalarna i västra Asien vid den tiden.
Shanidar-grottan själv mäter cirka 13 000 kvadratmeter (1 200 kvadratmeter) i area, eller 75 x 75 fot (53x53 m) kvadrat. Grottans mun är idag cirka 25 m bred och cirka 8 fot lång. Platsavsättningarna är ungefär 14 ft (14 m) tjocka, vilken grävmaskin Ralph Solecki uppdelade i fyra stora kulturella lager, var och en åtskilda av vad Soleckis team erkände som diskret diskontinuitet.
De lägsta, äldsta och mest betydande nivåerna vid Shanidar är de Mousterian nivåerna, som representerar en tid då neandertalarna bodde där för cirka 50 000 år sedan. Inom dessa insättningar upptäcktes nio mänskliga ingrepp, åtminstone några av dem var medvetna begravningar.
Alla nio av begravningarna i Shanidar hittades under en grottbergfall, men grävmaskinerna var helt säkra på att åtminstone några av begravningarna var avsedda. Under 1960-talet var det ett chockerande uttalande att göra, eftersom neandertalarna inte betraktades som människor, men inte tänkt att kunna ta hand om sina döda. Betydligt mer bevis för begravningar från mellersta paleolitherna har sedan återhämtats på andra grottplatser - vid Qafzeh, Amud och Kebara (alla i Israel), Saint-Cesaire (Frankrike) och Dederiyeh (Syrien) grottor.
Några av skelettarna från Shanidar visar bevis för interpersonellt våld bland Pleistocene-jägare och samlare, en våldsnivå som också bekräftades vid El Sidrón i Spanien. Shanidar 3, ett välbevarat vuxet manligt skelett, hade en delvis läkt skada på en revben. Denna skada antas ha orsakats av skarpt kraft trauma från en stenpunkt eller blad. Detta är ett av endast ett fåtal kända exempel på neandertal traumatisk skada från ett stenverktyg - andra inkluderar St. Cesaire i Frankrike och Skhul Cave i Israel. Experimentella arkeologiska undersökningar av den amerikanska arkeologen Steven Churchill och kollegor tyder på att denna skada resulterade från att skjutits av ett långtgående projektilvapen.
Skelettet känt som Shanidar 1 var en äldre vuxen hane, som överlevde en krossande fraktur i hans vänstra ögonuttag och förlusten av hans högra underarm och hand. Arkeologer Erik Trinkaus och Sebastien Villotte tror att denna person också var döv, baserat på förekomsten av beniga tillväxter i öronen. Inte bara visar dessa skelett interpersonella bevis, de indikerar också att neandertalarna tog hand om individer som hade handikappats.
Shanidar var i fokus för tidiga blommiga analytiska studier, som presenterade vad som blev en kontroversiell tolkning. Jordprover som tagits från sediment nära begravningarna innehöll ett överflöd av pollen från flera slags blommor, inklusive det moderna växtbaserade botemedel ephedra. Pollenöversikten tolkades av Solecki och forskaren Arlette Leroi-Gourhan som bevis på att blommor begravdes med kropparna. Men det är en viss debatt om källan till pollen, med vissa bevis för att växtresterna kan ha förts in på platsen genom att grava gnagare, snarare än att placeras där som blommor av sörjande släktingar. Nya studier av palynologer Marta Fiacconi och Chris Hunt antyder också att pollen som finns i grottan inte skiljer sig från pollen som finns utanför grottan..
Mikroskopiska studier av kalkylavlagringar - även kända som tandsten på tänder från neandertalarna vid Shanidar - hittade växtrester från flera stärkelsefulla livsmedel som utgjorde invånarnas diet. Dessa växter inkluderade gräsfrön, dadlar, knölar och baljväxter. Vissa bevis tyder på att åtminstone några av de konsumerade växterna hade kokats och konserverade stärkelsekorn från vild korn hittades också på ansikten på några av Mousterian-verktygen i grottan också.
De ursprungliga utgrävningarna genomfördes i grottan under 1950-talet i regi av den amerikanska arkeologen Ralph S. Solecki. Senare undersökningar av platsen och av artefakter och markprover som återvunnits från platsen har genomförts av bland andra Trinkaus. Lokalt var Shanidar tills nyligen bebodd av kurdiska herdar, men nu hanteras det av den lokala antikvitetstjänsten och har blivit ett populärt kurdiskt turistmål.